Yu ☆ Gi ☆ Oh! Arc-V se usredotočuje oko Yuuya Sakakija, tajanstvenog Zabavnog dvoboja poznatog kao "Fantom", zajedno sa svoje tri druge ličnosti: Yuuto, Yuugo i Yuuri. Proganjao ga je Leo Corporation zbog hakiranja njihovog Solid Visiona s masovnim sustavom i koristio ga je u svoje svrhe.
Dok je u bijegu, upoznaje Yuzu Hiiragi, kćerku ravnatelja škole Syu Zo Duel koja je bila na rubu bankrota i prevario je Yuuya da ugovori da postane učiteljica u njenoj školi. Međutim, prije nego što je Yuuya mogao učiti u školi, prvo mora pronaći karticu pod nazivom Genesis Omega Dragon koja će reći da će odrediti sudbinu svijeta koja se također povezala s njegovim raspršenim sjećanjima.
Priča je smještena u alternativnu verziju Miami Cityja gdje Leo Corporation, koju vodi njezin predsjednik Reiji Akaba, dominira većinom sustava Solid Vision u cijelom gradu. Širenje solidne vizije tvrtke masom ne samo da je iznjedrilo "Akcijske dvoboje", već je pomoglo i poboljšanju grada u spašavanju života i popravljanju štete u slučaju katastrofe, postajući vitalni
