Srednja škola mrtvih smještena je u današnji Japan, počevši od planeta pogođenog fatalnom pandemijom koja ljude pretvara u zombije, a eufemistički se od primarnih likova naziva "Njima" (?? Yatsura?).
Priča prati brojne srednjoškolce (kao i medicinsku sestru) dok se snalaze koristeći svjetski katastrofalni događaj nazvan "Izbijanje". Također se moraju suočiti s daljnjim rizicima društvenog pada, vrste opasnih preživjelih, i potencijalnog propadanja njihovih moralnih kodeksa dok glumačka postava pokušava preživjeti zombi apokalipsu. Počevši od HS-a, učenici bježe u grad na mjestu gdje se moraju nositi s njegovim učenicima i okaljanim učiteljem. Dobivaju psa kao i malu djevojčicu te procjenjuju preživjele u svojim kućama. Nakon toga napokon se probijaju do osnovne škole koja je navodno sigurna zona, prolaze kroz policijsku postaju i traju u trgovačkom centru.
