U ovoj mangi nalazi se Ryouga, dječak nadljudske snage koji želi pronaći svog nestalog oca. Jedini trag koji Ryouga ima je tajanstvena figura u oblacima zvana "Arkade" koja mu je obećala da će ga odvesti ocu kad postane dovoljno jak. Ryougi se pridružuju Miruto, djevojka koja radi za organizaciju koja prati zlikovce koji koriste Pokemone u njihovim zlim namjerama i Yappy, novinar koji želi razotkriti sve zlo na svijetu. Radnja se usredotočuje na "Pucanje", sposobnost korištenja kristala s pohranjenim Pokemonima u njima kako bi se transformirali u ljudsko-Pokemon hibride. Ryougin rafal je Zekrom, isti onaj koji je njegov otac koristio u prošlosti.
