Bazirano na popularnoj igri otome, Hakuouki slijedi Chizuru i Shinsengumi u alternativnoj stvarnosti. Chizuru putuje u Kyoto u potrazi za nestalim ocem, ali nakon što je bila umiješana u incident, na kraju ju je primila Shinsengumi, gdje susreće članove, uključujući poznate Hijikata Toshizo i Okitu Soshi. Chizuruov otac provodio je vladino istraživanje za jačanje Shinsengumi-ja i razvio ochimizu. Ochimizu je formula koja demonima daje učinak snage i regeneracije, ali jednom kada se uzme, korisnik doživljava ekstremnu bol i na kraju se pretvori u čudovište gladno u krvi.
U pokušaju obrane Chizurua, Hijikata uzima ochimizu i iako se situacija spasila, sada je pogođen bolešću. Okita je također prisiljena uzeti formulu kad mu tuberkuloza onemogući da brani Chizuru i sebe. Osjetivši se odgovornom za svoje postupke, Chizuru se mora boriti protiv njenog osjećaja bespomoćnosti i pronaći hrabrost da podrži Shinsengumi.
